१५६७ ते १५७१ या काळात आत्ताचा जंजिरा या पाणकोटाचे मूळ बाधकाम झाले व नाव किल्ले महरूब ठेवण्यात आले. मराठयांनी जवळ जवळ बारा वेळा झटापट करून हा जलदुर्गांचा राजा ताब्यात आणण्याचा प्रयत्न केला.मात्र दरवेळी अपयश आले.
छत्रपती शिवाजी महाराजान्च्या १६४८-१६८० या ३२-३३ वर्षाच्या सोनेरी कारकिर्दीत अनेक जय पराजयाचे चढ उतार अपनाव्स पाहायला मिळतात.
राज्यविस्ताराच्या व राज्यरक्षणाच्या दृष्टीने राज्यांचे लक्ष कोकण किनारपट्टी कडे गेले.शिवरायांनी ही किनारपट्टी बळकट करण्यासाठी नवे जलदुर्ग बांधले व सुसज्य आरमाराची उभारणी केली.या त्यांच्या उद्योगात अडथळा होता तो जंजिऱ्याच्या सिद्दीचा, एका बलाढ्य जाल्दुर्गाच्या अधिपतीचा अगदी शिवरायांच्या शब्दात सांगायचे झाले तर, "जैसा घरास उंदीर, तैसाच राज्यास सिद्दी आहे."
यांच्या दोन्ही हातास दोन उठावदार शिल्पे आहेत.एका वाघाने आपल्या चारही पायात हत्ती पकडले आहे.असे हे शिल्पं किल्ल्याचे महत्व दर्शवते.सध्या जंजिरा किल्ल्यावर मध्य भागी राजवाडा, दोन तलाव,मशीद,सिद्दी घराण्यातील कबरी असे अवशेष आहेत.
नगारखाण्याच्या वास्तूत द्वाजास्तंभ जवळ कलाल बांगडी, चावरी व लांडा कासम या नावाच्या पंच धातूच्या तीन प्रचंड मोठ्या तोफा आहेत.तसेच किल्ल्याला २४ बूरुजा आहेत.यातील दर्या दरवाजा फार सुरेख आहे.असा हा जंजिरा किल्ला पाहिल्यानंतर शिवरायांचे अपूर्ण राहिलेले स्वप्नं "याचि देही याचि डोळा" पाहिल्याचे समाधान वाटते.
जाण्यायेण्याच्या वाटा:
जंजिरा किल्ल्यास भेट देण्यासाठी आपण प्रथम रेगड जिल्यातील अलीबागच्या दक्षिणेस ४८ कि.मी. वर असणारे मुरुड हे तालुक्याचे गाव गाठावे लागते.मुंबई-अलिबाग मार्गे मुरुड हे गाव १४८ कि.मी.आहे.पुणे अगर दक्षिण महाराष्ट्रातून येणाऱ्या दुर्गप्रेमींनी प्रथम रोह हे शहर गाठावे. रोह्याच्या एस.टी. स्थानकापासून प्रत्येक तासाला एक बस मुरुड गावास जाते.मुरुड पासून दोन कि.मी.वर राजपुरी गाव आहे.राज्पुरीतून छोट्या बोटीनं जंजिरा किल्ल्यास जाण्यास बोट आहे.जंजिरा जल वाहतूक सोसायटी तर्फे ही वाहतूक केली जाते.